När Kvarnvikens Kvarn byggdes 1882 av Knut Ljunglöf, var det troligen tänkt att den skulle konkurrera med andra kvarnar och leverera mjöl till Stockholms befolkning. Vi vet inte säkert hur mycket som maldes i Kvarnviken de första decennierna men ganska snart blev Kvarnviken en tullkvarn, som malde åt de närliggande gårdarna. Det finns dock tecken på att det under någon period har förvarats stora mängder säd eller mjöl i magasinet, eftersom den bärande stommen på några ställen har pressats ihop av tyngd uppifrån. Verksamheten i kvarnen kan ha minskat på grund av konkurrens från de andra kvarnarna inne i Stockholm.
Andra kvarnar som fanns i Stockholm:
Eldkvarn
Byggdes 1805 av friherre Edelcrantz. Den låg där Stadshuset ligger idag på Kungsholmen, kvarteret heter fortfarande Eldkvarn. Den var en av Sveriges första ångdrivna kvarnar. Kvarnen byggdes om och moderniserades under 1850- och 1860-talen. Ägare vid den här tiden och fram till nedläggningen var firma Svanberg & co.
Kvarnen brann 31 oktober 1878. Branden tros ha orsakats av en gaslampa som föll ner och antände mjöldammet. Kvarnen kunde dock användas igen ganska snart efter branden. Branden har gett upphov till uttrycket ”inte sen Eldkvarn brann”, vilket menas att något var väldigt länge sedan. Kvarnen användes fram till 1906. Byggnaden revs 1910 för att ge plats för Stadshuset.
Saltsjökvarn
Kvarnen blev färdigbyggd 1890. Ägare var Holmberg och Möllers Qvarnaktiebolag. 1902 ombildades företaget till AB Saltsjöqvarn. Kvarnen ligger på gränsen mellan Stockholm och Nacka vid Danviken. Det fanns tidigare flera små kvarnar i området. 1909 övergick man från ångmaskin till eldrift. 1923 byggs mannagrynskvarnen i ett separat hus bakom kvarnen, som var den första av sitt slag i Sverige. Mjölprodukterna från kvarnen såldes under namnet Kejsarkronan. Fram till 1970-talet byggdes kvarnen ut och moderniserades i olika omgångar. Driften lades ner 1988 av dåvarande ägaren Kungsörnen AB. Idag är mannagrynskvarnen bostäder och huvudbyggnaden är hotell och konferensanläggning. Kungsörnen AB är idag ett dotterbolag till Lantmännen.
Kvarnen Tre Kronor
Började byggas 1897 och var klar 1898. Ägare var bl.a. grosshandlare Carl August Engström. Kvarnen ligger på Kvarnholmen, som tidigare hette Hästholmen, vid Stockholms inlopp mitt emot Djurgården i Nacka kommun. Kvarnholmen är inte längre någon ö, utan en udde eftersom Hästholmssundet mot fastlandet fylldes igen på 1970-talet.
Kvarnen drevs först med ångmaskin, men man bytte till elektrisk drift 1911. Kooperativa Förbundet köper kvarnen 1922. En stor ombyggnad och modernisering gjordes 1923. En havregrynskvarn byggs 1928 och en makaronifabrik byggs 1934. 1942-1959 användes trådlastbilar för transporter från kvarnen till Södra Station. Det var alltså lastbilar som drevs med el från luftledningar, precis som trådbussar. Kvarnen har byggts om och byggts till i flera omgångar fram till på 1970-talet. Lönsamheten minskade under 1980-talet. Ägare vid den här tiden är Kvarn AB Juvel, som var KF:s kvarnbolag.
Verksamheten lades ner 1992 och produktionen flyttades till Kvarnen Tre Lejon i Göteborg. Driften vid Kvarnen Tre Lejon lades ner 2001, när Juvel såldes till Cerealia. De flesta av Tre Kronors byggnader finns kvar, förutom sädesmagasinen. Kvarnhusen håller nu på att byggas om till bostäder och i kontorsbyggnaden, byggd på 1960-talet och som i folkmun kallades munspelet pga sitt utseende, finns idag Qvarnholmens skola.